(1)主要参数控制：一般空调侧重温度、湿度、新鲜空气量和噪声控制，而洁净空调则侧重控制室内空气的含尘量、风速和换气次数。在温、湿度有要求的房间，温、湿度也是主要控制参数。对生物净化工程，含菌量是主要的控制参数之一。


(2)空气过滤手段：一般空调有的只有粗效一级过滤，要求高的是粗效、中效两级过滤处理。而洁净车间空调则要求粗、中、高效三级过滤或粗、中、亚高效三级过滤。同时，为了去除室内排风对大气环境的影响，需依据不同的情况在排风系统设排风过滤或排风净化处理。


(3)室内压力要求：一般空调对室内压力要求不严。而洁净厂房空调为了避免外界污染空气的渗入(内部污染物逸出)或不同洁净厂房(区)不同物质的相互影响，对不同洁净车间(区)的压差均有不同的要求。


(4)避免外界污染：为了避免被外界污染 ，洁净空调系统材料和设备的选择、加工工艺、加工安装环境、设备部件的储存环境等，均有特殊要求。


(5)对气密性的要求：虽然一般空调系统对系统的气密性、渗气量有一定的要求，但洁净车间空调系统的要求要比一般空调系统严得多，其检测手段、各工序的标准均有严格措施及测试要求。


(6)对土建及其他工种的要求：一般空调房间对建筑布局、热工等有要求，但选材要求不是很严格。而洁净空调对建筑质量的评价除一般建筑的外观等要求外，还对防尘、防起尘、防渗漏有严格的要求。在施工工序安排及搭接上要求严格，以避免产生裂缝造成渗漏。洁净空调系统对其他工种的配合要求也很严格，主要集中在防渗漏，避免外部污染渗入洁净车间及防止积尘对洁净车的污染。